对于战争犯罪惩治原则不仅规定在有关的国际文件中，而且早就被欧洲国际军事法庭和远东国际军事法庭所实践，惩治战争犯罪的原则主要有五项：①个人要负刑事责任原则。②官方身份不得免除个人责任原则。③执行政府或上级命令不免除责任原则。④上级官长对其部下实施的战争犯罪行为承担责任原则。⑤惩治战争犯罪不适用法定时效原则。除这五项原则外还有一些其他原则，如对犯罪嫌疑人公正审判、不违反国内法不能作为免除责任的理由、不溯及既往等原则。