两者的区别是：注销注册商标是当事人自动终止其商标权，发生注销情形时，商标权从注销公告之日起终止，注销公告以前的商标权是有效的；撤销注册商标是有关机关采取强制手段终止其商标权，发生不正当注册撤销情形时，其商标权视为自始不存在；发生违法撤销情形时，则从撤销之日起终止其商标权。