大量历史遗留损毁土地和自然灾害损毁土地的复垦是土地复垦工作的难点。为了做到“旧账快还”，条例作了如下规定：一是要求编制土地复垦专项规划。条例规定，县级以上人民政府国土资源主管部门要对历史遗留损毁土地和自然灾害损毁土地进行调查评价，并在此基础上编制土地复垦专项规划，确定复垦的重点区域、目标任务和要求。二是明确投资渠道。条例规定，对历史遗留损毁土地和自然灾害损毁土地，政府应当投入资金进行复垦，或者按照“谁投资，谁受益”的原则，吸引社会投资进行复垦。对于土地权利人自行复垦的，给予相应的扶持、优惠措施。 三是规范土地复垦项目的管理方式和要求。条例规定，国家对历史遗留损毁土地和自然灾害损毁土地的复垦按项目实施管理，同时对项目管理的各个环节，包括项目的确定、项目设计书的编制、施工单位的确定、项目的实施和验收等作了明确规定。