两者都是过失犯罪，都实施了违反规章制度的行为，并且以发生重大事故，造成严重后果作为构成犯罪的必备条件。两主要区别在于：

(1)犯罪主体不同。

尽管两者都是特殊主体，重大飞行事故罪的犯罪主体仅限于航空人员;重大责任事故罪的罪主体则只能是工厂、矿山、林场、建筑企业或其他企业、事业单位的职工以及群众合作经营组织或个体经营户的从业人员。

(2)发生的场合不同。